Setiap program studi mempunyai organisasi kemahasiswaannya masing-masing, begitu juga dengan program studi pendidikan kimia. Didalam program studi pendidikan kimia terdapat organisasi intra kampus yang bernama Himpunan Mahasiswa Program Studi (HM-PS) Pendidikan Kimia. Himpunan Mahasiswa Program Studi (HM-PS) Pendidikan Kimia adalah organisasi tertinggi ditingkat Program Studi Pendidikan Kimia Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta yang menampung aspirasi seluruh mahasiswa pendidikan kimia serta sebagai wadah untuk pengembangan diri. HM-PS Pendidikan Kimia sebagai lembaga eksekutif mahasiswa ditingkat program studi bekerja sesuai dengan AD/ART yang berlaku. HM-PS Pendidikan Kimia bekerja berasaskan Islam, Pancasila, dan UUD 1945 yang merujuk Tri Dharma Perguruan Tinggi.

Menjadikan himpunan sebagai sarana yang menampung aspirasi mahasiswa, mempererat solidaritas mahasiswa, membangun koordinasi dengan lembaga kemahasiswaan baik internal maupun eksternal.